Alcuni marcatori possono essere positivi anche in chi non soffre di malattie autoimmuni e devono essere valutati solo in presenza di sospetto clinico
), sia di altro tipo . Molti di questi marcatori hanno spesso una grande sensibilità , ma una bassa specificità e per questo motivo devono essere richiesti solo qualora ci sia un chiaro sospetto clinico, legato quindi ai sintomi. È infatti molto importante che il risultato sia interpretato sulla base del motivo per cui è avvenuta la prescrizione.
La forma sieronegativa di artrite reumatoide ha caratteristiche cliniche generalmente meno aggressive rispetto a quella sieropositiva, si associa a un maggior rischio di danno osseo con erosioni e quindi alla necessità di un trattamento farmacologico diverso. Il secondo esempio riguarda invece, nella quale sono note alcune decine di autoanticorpi rari, alcuni dei quali determinabili solo in laboratori di ricerca.
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