El papado de Benedicto XVI estuvo marcado por varios escándalos dentro de la Iglesia católica
Pero el primer contacto oficial del futuro Benedicto XVI con Maciel y Los legionarios de Cristo sería en 1997, cuando el entonces cardenal Joseph Ratzinger era el prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe.
Por su parte, el sucesor de Ratzinger, el papa Francisco, ha defendido en distintas ocasiones la labor de Benedicto XVI frente a"El cardenal Ratzinger -un aplauso para él- es un hombre que tuvo toda la documentación.
En 2010, dos años después de la muerte del padre Maciel y a raíz de las investigaciones llevadas a cabo,apostólica para que asumiera el control de la congregación y profundizara sobre las denuncias.Los legionarios de Cristo admiten que la mayoría de los sacerdotes que cometieron abusos sexuales no han sido procesados civilmente.
En diciembre de 2019, en un informe publicado por los propios Legionarios de Cristo, se conoció el alcance de los abusos reportados: al menos 175 menores habrían sido agredidos sexualmente por miembros de la congregación."Pedimos perdón a las víctimas, a sus familias, a la Iglesia y la sociedad por el grave daño que miembros de nuestra Congregación han causado", señala el documento.
Sin embargo, hasta allá lo persiguieron los señalamientos de que él sabía sobre Los legionarios de Cristo mucho antes de 1997 y no había hecho mucho por detenerlos.